阮元善书法，尤精篆隶。入值南书房时，参与撰修《石渠宝笈》，研究宫中懋勤殿所藏的古书画，写出心得，成《石渠随笔》一书。

阮元篆书曾在《石鼓文》《泰山刻石》《天发神谶碑》及秦汉瓦当等金石碑版中得到滋养。阮元有诗云：『吾愚未学繇与羲，唐陵宋阁多疑然。但曾手摹十石鼓，刻画史籀夸汧岐。下此秦碑立泰岱，石刻明白丞相斯。延熹蔡郭华岳庙，江都皇象神谶碑。』